Το κτίριο του σχολείου μας, στην οδό Γρηγορίου Κολωνιάρη, κτίσθηκε το 1988. Μετά την αποπεράτωσή του, τα δύο σχολεία, 12ο Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης (με διευθυντή τον κ. Μπαρμπαλιό) και 16ο Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης (με Διευθυντή τον κ. Αρβανιτίδη) μεταφέρθηκαν στο καινούργιο κτίριο. Μέχρι τότε, τα δύο σχολεία φιλοξενούσε το κτίριο Καραμάνογλου, στην περιοχή Καϊστρίου.
Το 2007 κτίσθηκε και η νέα πτέρυγα, η οποία έδωσε τη δυνατότητα στα δύο σχολεία να λειτουργούν αποκλειστικά στην πρωινή βάρδια. Κατά τη διάρκεια των ανασκαφών ανακαλύφθηκαν στα θεμέλια του κτιρίου ευρήματα της παλαιοχριστιανικής εποχής.
